Fu fondata intorno al 1030 dai Conti di Nocera e Gualdo che in quel periodo governavano in condominio la valle di Salmaregia.
Nel 1060 per mancanza di religiosi, passò sotto le dipendente di S.Maria d'Appennino che provvide ad inviarvi una piccola comunità di religiosi.
Il termine " Caprile " gli fu dato per l'esistenza nei paraggi di stalle di capre.
S.Biagio in Caprile già nel 1109 con la donazione dei patroni Oderisi, Atto e Bocco,conti di Nocera possedeva diverse proprietà nelle località di Cellerano,Torre, Molinaccio,Camportigiano.
Intorno al 1198 figura affiliata alla vicina abbazia di S.Michele (poi S.Angelo) di infra ostia, fondata prima del mille da un ramo degli Atti di Nocera, conti di Colleoccio.
Nel 1300 i monaci ebbero dei possedimenti a Salmaregia, Campodonico, Sasso, Colle, Campottone, Trufigno, Tegulario, cima Mitula ed esercitarono la loro giurisdizione su numerosi vassalli e chiese.
Il cenobio fu protetto da diverse importanti famiglie come i Trinci di Foligno nelle persone di Paolo e Ugolino ; i Chiavelli nella persona di Tommaso, i Bartoluccio da Foligno, Rinaldo di Rodolfo nobile fabrianese.
Ebbe monaci di elevato rango e cultura come d.Morico, d. Bartoluccio e d. Giovanni chiamato Vanne, figlio del nobile Rinaldo.
Con l'affrancazione del XIV secolo iniziò la sua decadenza.
Ebbe diverse liti per i diritti di pascolo con il vicino castello di Orsara, i signori di Salmaregia , Belvedere, Gualdo.
Nel 1443 fu distrutta da un incendio insieme al suo archivio, e rimasta priva di monaci passò per volere di Eugenio IV alla Congregazione Silvestrina.
Nel 1665 fu elevata ad abbazia titolare e nel 1810 fu venduta a privati.
Dell'antica abbazia rimane la chiesa a pianta rettangolare internamente era ornata dai famosi affreschi dell'anonimo Maestro di S.Biagio in Caprile, oggi conservati ad Urbino.
Gli edifici monastici sorti intorno al chiostro che sono andati quasi completamente distrutti.